Phần lớn các loài các trong rạn san hô là cá vây tia sở hữu xương vây dạng tia sắc nhọn và nhiều gai,[3] cung cấp khả năng tự vệ đáng kể, các gai trên vây thậm chí có thể mắc vào da thịt của cá dữ hoặc có mang nọc độc. Nhiều loài cá rạn san hô mang màu sắc ngụy trang để làm rối trí kẻ thù.[9] Các loài cá sống tại rạn san hô cũng có nhiều hành vi thích nghi phức tạp, ví dụ như những loài cá nhỏ lẩn trốn kẻ thù bằng cách ẩn náu trong các khe hở hoặc tụ tập lại thành đàn lớn để giảm nguy cơ bị ăn thịt. Một số loài kiếm ăn trong rạn san hô theo từng đàn, và khi kiếm ăn xong chúng trở về nơi ẩn náu cố định để lẩn trốn cá dữ. Tuy nhiên các hang hốc, khe hở vẫn có thể bị tấn công bởi những loài ăn thịt, vì vậy một số loài như cá nóc gai tụ tập lại thành bầy trong các hang hốc và đồng loại chìa gai nhọn ra bên ngoài để chống lại kẻ thù.[9]

Trong số vô số các cư dân, các loài cá sống ở đây cá nổi bật là đặc biệt đầy màu sắc. Hàng trăm loài cá có thể tồn tại trong một khu vực nhỏ của một rạn san hô. Ở các vùng, tùy theo đặc tính sinh trưởng mà có loài cá rất hiếm, chẳng hạn như Cá thần tiên là loài cá sống rất đơn lẻ, không thành bầy. Nhiều khi cả vùng biển rộng 1km2 chỉ có chừng 10 con. Chính sự khan hiếm khiến cá thần tiên được bán giá cao. Ngược lại có loài cá như cá bàng chài, cá thìa lại sống tập trung thành từng đàn, mỗi đàn có tới 1.000 con.[4] Cha mẹ của các loài cá san hô khi sống trong môi trường nước với nền nhiệt độ cao có khả năng điều chỉnh giới tính của con non, nếu nền nhiệt độ trung bình nước tăng 1,5 độ C sẽ làm giảm tỷ lệ cá cái được sinh ra tới 30%, tỷ số giới tính cái của con non được khôi phục khi cá bố, mẹ được nuôi ở nhiệt độ thấp hơn[10].